big_endian_workaround

Gbp-Pq: Name big_endian_workaround

to3

Gbp-Pq: Name 2to3

tune_lmdb_defaults

Gbp-Pq: Name tune_lmdb_defaults

Bypass env in Perl script shebangs.

Gbp-Pq: Name run_perl_directly

Support GCC 10+.

Debian-Bug: 957581.

* ncbifile.cpp (s_GetFileSystemInfo): Formally cast st.f_type to avoid
  narrowing errors for cases with the high bit set when that field is
  a 32-bit signed integer (as on i386).

Gbp-Pq: Name support_gcc10

Spelling fixes

Gbp-Pq: Name spelling

add missing lib for tests

Forwarded: Not-Needed
Last-Updated: 2018-02-11

Gbp-Pq: Name fix_unit_tests

Hang on to sequence data even if -parse_deflines recognized a non-local ID,

   on the condition that the environment variable BLAST_ALWAYS_KEEP_SEQUENCE
   (or configuration parameter [BLAST] always_keep_sequence) is set to a
   "true" value (English-only, case-insensitive true, t, yes, y, or 1).

Gbp-Pq: Name optionally_keep_sequence

suppress gnu TLS and mbed TLS version checks

   Prevent bailing when the exact compile-time and runtime GNU TLS versions
   differ; trust dpkg to disallow combinations that are actually incompatible.
   Likewise for mbed TLS.

Gbp-Pq: Name suppress_tls_version_checks

Support x32

Avoid picking up wrong inline assembly.

Gbp-Pq: Name support_x32

fix path for debian build

Forwarded: no
Last-Updated: 2014-06-06

Gbp-Pq: Name fix_configure

remove network required test

Forwarded: no
Last-Updated: 2013-06-01

Gbp-Pq: Name skip_services_unit_test

build executables with -fPIE, not -fPIC

* -fPIC is only useful for shared libraries; substitute -fPIE (along
   with -pie at link time) when building executables.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2012-05-10

Gbp-Pq: Name use_pie_for_apps

avoid redundant rpath entries on multiarch systems

 * src/build-system/configure(.ac): when ensuring that executables
   will be able to find libstdc++, don't add rpath entries that files
   under /etc/ld.so.conf.d already specify, even if they don't resemble
   traditional single-architecture or biarch locations.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2011-08-28

Gbp-Pq: Name no_multiarch_rpath

ensure that all libraries link against all direct dependencies

 * src/**/Makefile.*.lib: set DLL_(D)LIB correctly.  Break the dependency
   loop between libxblast and libxalgoblastdbindex by having the former
   provide only the C++ BLAST API, leaving the C core only in libblast.
 * src/build-system/library_relations.txt: Change xblast's
   relationship to blast from includes to needs, accordingly.
 * src/algo/blast/Makefile.blast_macros.mk: Add blast to BLAST_LIBS.
 * src/algo/blast/dbindex*/*/Makefile.*.app: Link against libxconnect
   rather than libconnect for consistency with libblast, which uses the
   former to keep the aforementioned cycle-breaking from causing
   inconsistency elsewhere.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2016-12-05

Gbp-Pq: Name fix_lib_deps

rename binary as blast+ for package coherency.

Last-Updated: 2011-10-03

Gbp-Pq: Name legacy_rename_rpsblast

fix portability issues that led to Hurd build failures

* src/build-system/configure(.ac):
  - Reflect the Hurd's support for -Wl,rpath,... .
* src/connect/ncbi_socket_cxx.cpp, src/connect/ext/ncbi_localnet.c:
  cope with missing PATH_MAX everywhere, not just under Windows.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2020-09-19

Gbp-Pq: Name hurd_fixes

clean after failure

Last-Updated: 2013-06-01
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name enable_clean_after_failed_compile

blast+ use optout to send usage reports over internet

Last-Updated: 202-02-10
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name optin_usage_report

Omit convenience mbed TLS copy

Gbp-Pq: Name system_mbedtls_only

Finalize ncbi-blast+ 2.17.0+ds-7 for unstable.

Standards-Version: 4.7.3 (routine-update)

Add debian/patches/support_boost_1.87 (#1129798).

Fix builds with Boost 1.87 (which dropped ...::tt_detail::dummy_cond)
through at least 1.90.

Start work on ncbi-blast+ 2.17.0+ds-7, mainly for new Boost.

ncbi-blast+ 2.17.0+ds-6: Unbreak 64-bit builds.

ncbi-blast+ 2.17.0+ds-5: Fix wgsread.cpp for x32 (#1117023).

ncbi-blast+ 2.17.0+ds-4: Properly allow VDB on x32 (#1117023).

Finalize ncbi-blast+ 2.17.0+ds-3 for unstable.

d/p/support_x32: Slightly broaden VDB allow-list (#1117023)

... in configure(.ac).

Stick with software CRC-32C on 32-bit ARM (#1117022).

* debian/control: Restrict armv8crc-support dependency to arm64.
* debian/patches/zcf-simde-crc32c: Leave CFLAGS alone on 32-bit ARM;
  adjustments aren't actually worthwhile there and would have needed to
  go further on armhf, on which (at least under GCC) ARMv8 targets
  additionally need +simd.  (Closes: #1117022.)

Start work on ncbi-blast+ 2.17.0-ds3 for 1117022 and 1117023.

ncbi-blast+ 2.17.0+ds-2: Fix ZCF CRC32C logistics with SIMDE help.

* debian/control:
  - Additionally build-depend on libsimde-dev.
  - Require CRC support on ARM per upstream.
* debian/patches/zcf-simde-crc32c (new): Replace Cloudflare deflate.c's
  fallbackless architecture-dependent code with a SIMDE invocation that
  amounts to the same thing on supported architectures and to a portable
  fallback elsewhere.

Finalize ncbi-blast+ 2.17.0+ds-1 for unstable.

debian/copyright: Clean up whitespace (routine-update).

Namely, a few hard tabs and a trailing space.

d/control: Reformat via "cme fix dpkg-control" (routine-update).

* Format potentially multi-valued entries as

  Key:
   value1,
   value2,
   ...

  rather then

  Key: value1,
       value2,
       ...

* Move Standards-Version up to between Source and Maintainer.

debian/copyright: Update with more help from lrc.

* Cover zlib_cloudflare alongside (unused) zlib, accounting for the
  fork's additional copyright holders and years.
* Cover (unused) PCRE2's sljit subtree; factor out BSD-2-clause for it.
* Stop mentioning the retired extra copy of lmdb++.h.
* Enumerate cityhash and farmhash explicitly to allow for *-only
  wildcarding without pulling in murmurhash.

Override embedded-library zlib for libzcf.so

... which is Cloudflare's fork.

debian/rules: Explicitly supply VDB_LIBDIR to configure

... to avoid a bad interaction that led to spurious runpath entries in
binaries linked against VDB.

debian/control: Require SSE 4.2 on x86 per upstream.

debian/patches: Update for new release, mostly formally.

* debian/patches/series: Comment out support_mbedtls3, allow_pcre2,
  and fix_bm_for_gcc15, all incorporated upstream.
* debian/patches/system_mbedtls_only: Drop code changes (incorporated
  upstream) and port Makefile.connssl.lib's changes.

Merge tag 'upstream/2.17.0+ds'

Upstream version 2.17.0(+ds).

New upstream version 2.17.0+ds

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-7 for unstable.

debian/copyright: Overhaul with much help from licenserecon (lrc).

Standards-Version: 4.7.2 (routine-update)

Build against VDB where available (amd64/arm64/x32) (#1100037).

* debian/control: Build-depend on libncbi-vdb-dev where available.
* debian/rules: Build against (packaged!) VDB where available, using
  logic cribbed from ncbi-igblast.

+ debian/patches/fix_bm_for_gcc15 (#1097434).

Cherry-pick a BitMagic fix needed for modern compilers, adjusting the
path appropriately.

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-6 for unstable.

debian/rules: Try disabling optimization altogether on sh4.

Reinstate big-endian builds, with default blastdb_version 4.

* debian/control: Reinstate big-endian builds, which can be salvaged
  adequately well.
* debian/patches/big_endian_workaround (new): On big-endian
  architectures, roll makeblastdb's and makeprofiledb's default
  blastdb_version back to 4 pending a proper fix.  Some things,
  including in particular q2-feature-classifier, will still explicitly
  request version 5, but everything else should be OK.  (See #1077777.)

Start work on ncbi-blast+ 2.16.0+ds-6 (yet more arch tuneups).

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-5 for unstable.

Extend -O1 cap to sh4, which still encountered VM exhaustion.

debian/rules: Try building with -fsection-anchors on alpha

... in hopes of satisfying the GOT size limit there too.

d/control: Forbid builds for big-endian archs, at least for now.

They nominally succeed, but two dependent autopkgtests (for cct and
kleborate) have started failing on s390x, and there's no evidence that
other BE architectures fare any better.  (See #1077777.)

Start work on ncbi-blast+ 2.16.0+ds5 (more arch tuneups).

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-4 for unstable.

Disable parallel building on sh4

... in hopes of avoiding buildd virtual memory exhaustion.

Compile with -ffunction-sections on hppa and -mxgot on mips*

... (mips64el in practice) due to having outgrown default settings.

debian/rules: Move architecture.mk inclusion to the very top

... for the sake of hypothetical builds bypassing dpkg-buildpackage.

Start ncbi-blast+ 2.16.0+ds-4 for more arch-specific tuneups.

ncbi-blast+ 2.16.0+ds-3: d/rules typo fix (missing parenthesis).

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-2 for unstable.

debian/patches/hurd_fixes: Extend to ncbi_localip.c.

It otherwise accommodates PATH_MAX's absence only under Windows.

debian/rules: Link with -latomic on most 32-bit architectures

... excepting only x86 and armhf, which succeed as is.

Start work on ncbi-blast+ 2.16.0+ds-2 to fix FTBFS on some archs.

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-1 for unstable.

Update patches again for 2.16.0(+ds).

routine-update: Standards-Version: 4.7.0

Merge tag 'upstream/2.16.0+ds'

Upstream version 2.16.0(+ds).

New upstream version 2.16.0+ds

Stop relying on 2to3 at build time.

* debian/control: Stop building against 2to3, which may not be around
  much longer.
* debian/patches/allow_pcre2 (new): Allow use of PCRE2.
* debian/rules: Drop build-time 2to3 invocation in favor of
  debian/patches/2to3.

debian/source/lintian-overrides: No more rapidjson10 (just ...11).

debian/rules: Extend generated-sources cleanup to objtools/eutils.

Not entirely straightforward due to input format variation.

debian/patches/series: Comment out reprobuild (overkill).

I'm all for reproducibility, but the package already automatically
builds with flags that make __FILE__ relative, and many of its uses
are in header-defined macros that intend to pick up their callers'
paths.

debian/rules: Add --without-strip, disable reproducible=timeless.

Tune flags: Add --without-strip to make --with-symbols effective;
switch off warnings from __DATE__/__TIME__ usage, since
dpkg-buildpackage's SOURCE_DATE_EPOCH injection should suffice.

Refresh patches after prepending allow_pcre2 and support_mbedtls3.

Make it possible to build against PCRE2, and do so (#891197).

* debian/control: Build against libpcre2-dev.
* debian/patches/allow_pcre2 (new): Allow use of PCRE2.
* debian/rules: Build against PCRE2.

Regenerate configure and config.h.in with Autoconf 2.69.

To that end, add a B-D on autoconf2.69.

d/p/support_mbedtls3 (new): Support Mbed TLS 3.x (#1075867).

Don't specifically require it, though.

Move debian/patches/system_mbedtls_only up and extend it.

* debian/patches/series: Move system_mbedtls_only up in conjunction
  with incorporating part of an upstream patch needed by
  support_mbedtls3.
* debian/patches/system_mbedtls: Extend to cover ncbi_mbedtls.c (as in
  https://github.com/ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public/commit/f9c7297dd1)
  and Makefile.xxconnect2.lib.

BDA on libnghttp2-dev, libsqlite3-dev, and libuv1-dev, newly needed.

d/patches: Update for new release (2.15.0[+ds]), mostly formally.

Merge tag 'upstream/2.15.0+ds' (#1074316).

Upstream version 2.15.0(+ds) should be (more than) new enough for
recent q2-feature-classifier, which merely needs at least 2.13.

New upstream version 2.15.0+ds

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-4 for unstable.

Avoid explicitly specifying -Wl,--as-needed linker flag.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: debian-rules-uses-as-needed-linker-flag
See-also: https://lintian.debian.org/tags/debian-rules-uses-as-needed-linker-flag.html

Refer to common license file for Apache-2.0.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: copyright-does-not-refer-to-common-license-file
See-also: https://lintian.debian.org/tags/copyright-does-not-refer-to-common-license-file.html
Fixes: lintian: copyright-not-using-common-license-for-apache2
See-also: https://lintian.debian.org/tags/copyright-not-using-common-license-for-apache2.html

routine-update: Remove trailing whitespace in debian/changelog

routine-update: Standards-Version: 4.6.2

debian/source/lintian-overrides: Accommodate bracketed paths.

debian/control: Drop build dependency on libpcre3-dev (#891197).

PCRE2 support isn't ready yet, but there's a convenience copy of
classic PCRE that will suffice for now.  (Partly addresses #891197.)

Start work on ncbi-blast2+ 2.12.0+ds-4 to downgrade #891197.

change optout to optin strategy for usage reports sent over internet Closes #1005279

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-2 for unstable.

d/p/system_mbedtls_only: Patch out use of local mbed TLS headers

... which formally rename all symbols.

Clean up spurious release-status comment from 2.12.0+ds-1.

Start work on ncbi-blast+ 2.12.0+ds-2.

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-1 for unstable.

Simplify c++/src/html/ncbi_menu*.js overrides per current Lintian.